人類の植民惑星が異星人ククトニアンに攻撃され、護衛の守備隊は全滅、13人の子供達が取り残されてしまう。彼らは異星人に囚われた家族や友人達を自分達の力だけで救出するために、人型兵器ラウンドバーニアンで異星人と戦いながら、地球軍の練習艦ジェイナス号で旅をする、というストーリー。ジュール・ヴェルヌの小説『二年間の休暇』(少年向けには『十五少年漂流記』)をモチーフにしている。この宇宙版『十五少年漂流記』のアイディアは、『機動戦士ガンダム』の企画時に考案されたものだったが、『ガンダム』はそれとは異なる方向へと進んだため、改めてこのモチーフを用いてアニメ化したのが本作であり、そのため「原案」として富野由悠季の名前がクレジットされている。 メカやアクションに加えて、等身大の少年少女が生活し成長する物語でもある本作品は好評を博し、本放送後にも総集編が2本(『カチュアからの便り』『集まった13人』)、及びオリジナル脚本の新作2本(『消えた12人』『"ケイトの記憶"涙の奪回作戦!』)がOVAとして制作・販売された。
30世紀の未来、人類は太陽系全体に居住圏を広げ、植民惑星は50以上を数えていた。 大規模な戦争などは収まったものの、ブラディ・シンジケートをはじめとする巨大な犯罪組織が暗躍、表面的な繁栄と爛熟、堕落と腐敗の時代を迎えていた。 2911年7月8日、主人公のI・C・ブルースは、アステロイドのカジノ星・J9ランドで犯罪シンジケートの大ボス、ブラディ・ゴッドと出会い、新太陽系の主要惑星50個を1年以内で全て踏破できるかという、世紀の大勝負をすることになる。 ブルースとその仲間たちは、800年前の伝説的英雄・コズモレンジャーJ9にあやかってJJ9(ダブルジェイナイン)を名乗り、シンジケートの妨害と戦いながら、蒸気機関車型自家用宇宙トレイン・J9-III号を駆って賭けに挑む。
“バイストン・ウェル”は海と地の接する間にある異世界である。深海を空に、地熱と人の“オーラ力(ちから)”を源に、妖精フェラリオや闇のカ・オスまでもが共存する世界である。 “ア”の国の地方領主ドレイク・ルフトは、戦力増強を図り、優れたオーラ力を持つ地上人を呼び込もうとしていた。 そのひとり、ショウ・ザマは、オーラバトラー・ダンバインを与えられ、聖戦士と遇されることになる。だが、反逆者ニー・ギブンと彼に従う地上人の少女マーベル・フローズンに出会った時、ショウは不可解な言葉を投げつけられる。「何も知らずドレイクに手を貸す馬鹿な男」。 やがて“バイストン・ウェル”での争いは、地上界をも巻き込む巨大な戦雲となっていく。